2004ലെ ഉത്തര്‍പ്രദേശ് മദ്രസ വിദ്യാഭ്യാസ നിയമം സുപ്രീംകോടതി ശരിവച്ചു. നിയമം സ്റ്റേ ചെയ്ത അലഹബാദ് ഹൈക്കോടതി ഉത്തരവ് സുപ്രീംകോടതി റദ്ദാക്കി. യുപി സര്‍ക്കാരിനും ദേശീയ ബാലാവകാശ കമ്മിഷനും തിരിച്ചടിയാണ് സുപ്രീംകോടതി
മതേതര വിരുദ്ധമെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടി അലഹബാദ് ഹൈക്കോടതി റദ്ദാക്കിയ മദ്രസ വിദ്യാഭ്യാസ നിയമമാണ് സുപ്രീംകോടതി ശരിവച്ചത്. ന്യൂനപക്ഷ വിഭാഗത്തില്‍പ്പെട്ടവര്‍ക്ക് വിദ്യാഭ്യാസ സ്ഥാപനങ്ങള്‍ തുടങ്ങുന്നതിനും പ്രവര്‍ത്തിപ്പിക്കുന്നതിനുമുള്ള അവകാശം നിഷേധിക്കാന്‍ കഴിയില്ലെന്ന് സുപ്രീംകോടതി വ്യക്തമാക്കി. മദ്രസാ നിയമം ഭരണഘടന ഉറപ്പുനല്‍കുന്ന മൗലികാവകാശങ്ങളെ ലംഘിക്കുന്നില്ല. നിയമം ഭരണഘടനയുടെ അടിസ്ഥാന ഘടനയെയും ബാധിക്കുന്നില്ല. ഏതെങ്കിലും നിയമനിർമാണത്തിൽ മതപരമായ കാരണങ്ങൾ ഉണ്ടെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാണിച്ച്, അത് ഭരണഘടനാ വിരുദ്ധമെന്ന് പറയാനാവില്ലെന്നും കോടതി. ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് ഡി.വൈ.ചന്ദ്രചൂഡ് അധ്യക്ഷനായ ബെഞ്ചിന്റേതാണ് ഉത്തരവ്. എന്നാൽ ഉന്നത പഠനത്തിനായി ഫസില്‍, കമില്‍ ബിരുദങ്ങള്‍ ഉപയോഗിക്കാനാവില്ലെന്നും ഇവ യുജിസി നിയമത്തിന് വിരുദ്ധമാണെന്നും കോടതി വിധിച്ചു. മദ്രസ ബോർഡ് സ്ഥാപിക്കുകയും ന്യൂനപക്ഷ ക്ഷേമ വകുപ്പിന് മദ്രസകളുടെ ഭരണം നൽകുകയും ചെയ്തതാണ് 2004ലെ ഉത്തര്‍പ്രദേശ് മദ്രസ വിദ്യാഭ്യാസ നിയമം