സര്‍ക്കാരിന്‍റെ എതിര്‍പ്പ് മറികടന്ന് ഗവര്‍ണര്‍ നിയമിച്ച വൈസ് ചാന്‍സലര്‍മാര്‍ ചുമതലയേറ്റു. ഡിജിറ്റല്‍ സര്‍വകലാശാലയില്‍ ഡോ.സിസ തോമസും സാങ്കേതിക സര്‍വകലാശാലയില്‍ ഡോ.കെ.ശിവപ്രസാദുമാണ് ചുമതലേറ്റത്. വിസി നിയമനം കോടതി വിധി അനുസരിച്ചാണെന്നും സര്‍ക്കാരിന് എതിരഭിപ്രായമുണ്ടെങ്കില്‍ വീണ്ടും കോടതിയെ സമീപിക്കാമെന്നും ഗവര്‍ണര്‍ ആരിഫ് മുഹമ്മദ്ഖാന്‍ പറഞ്ഞു.
വലിയ എതിര്‍പ്പ് പ്രതീക്ഷിച്ചെങ്കിലും ഡിജിറ്റല്‍ സര്‍വകാശാലയില്‍ പുതിയ വിസിയായെത്തിയ ഡോ.സിസ തോമസിന്‍റെ ആദ്യദിവസം സമാധാനപരമായിരുന്നു. പ്രതിഷേധം ഒന്നും ഉണ്ടായില്ല. എന്നാല്‍ സാങ്കേതിക സര്‍വകലാശാലയില്‍ കരിങ്കൊടി കാണിച്ചാണ് എസ്എഫ്.ഐ പ്രവര്‍ത്തകര്‍ പുതിയ വിസിയെ എതിരേറ്റത്. ഇടത് സംഘടനയിലെ ജീവനക്കാരും പ്രതിഷേധവുമായി എത്തി.
സുപ്രീം കോടതി വിധി അനുസരിച്ച് വിസി നിയമനത്തിന് തനിക്ക് പൂര്‍ണ അധികാരമുണ്ടെന്നും പരാതി ഉണ്ടെങ്കില്‍ സര്‍ക്കാര്‍ കോടതിയെ സമീപിക്കട്ടെ എന്നും ഗവര്‍ണര്‍ ആരിഫ് മുഹമ്മദ്ഖാന്‍ പ്രതികരിച്ചു. ഡോ.സിസ തോമസ് നേരത്തെ സാങ്കേതിക സര്‍വകലാശാലയില്‍ താല്‍ക്കാലിക വിസിയായി നിയമിക്കപ്പെട്ടപ്പോള്‍ സര്‍ക്കാര്‍ കടുത്ത എതിര്‍പ്പ് പ്രകടിപ്പിക്കുകയും കോടതിയെ സമപിക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു. സര്‍വീസില്‍ നിന്ന് വിരമിച്ച ഡോ.സിസക്ക് പെന്‍ഷന്‍ ആനുകൂല്യങ്ങള്‍ ഇതുവരെ നല്‍കിയിട്ടില്ല. കുസാറ്റിലെ അധ്യാപകനായ ഡോ.കെ.ശിവപ്രസാദ് അവിടുത്തെ വിസിയുടെ അനുവാദം വാങ്ങിയാണ് പുതിയ ചുമതല ഏറ്റെടുത്തത്.